En 2005, fue co-comisaria de Tutankhamón y la Edad de Oro de los Faraones en el Museo de Arte del Condado de Los Ángeles. Cooney produjo una serie de televisión de arqueología comparada, titulada Out of Egypt, que se emitió en 2009 en Discovery Channel y está disponible en línea a través de Netflix y Amazon. 

Cooney investiga sobre la reutilización de ataúdes, centrándose principalmente en la XXI dinastía. Su investigación indaga en los problemas socioeconómicos y políticos que asolaron el periodo y, en última instancia, afectaron a las prácticas funerarias y de enterramiento en el antiguo Egipto. A lo largo de un lustro, este proyecto la ha llevado por todo el mundo estudiando y documentando más de 300 ataúdes de colecciones de El Cairo, Londres, París, Berlín y Ciudad del Vaticano.