Entre 1910 y 1912 publicó en la Revue d'histoire et de littérature religieuses una serie de artículos sobre San Martín, que se recopilaron en un libro editado por Honoré Champion en 1912. En este estudio sobre San Martín, se convirtió en discípulo de la escuela historiadora metódica de Charles-Victor Langlois (1863-1929) y Charles Seignobos (1854-1942). Esto le valió las burlas de Charles Péguy, quien lo llamaba irónicamente «su viejo camarada». Lo estigmatizó en los Cahiers de la Quinzaine L'Argent, en el polémico artículo «Langlois tel qu'on le parle» [4]. Para Charles Péguy, Ernest Babut presentó a San Martín como un marginado del cristianismo de las Galias, mientras que para este último, este hombre presentado como un santo, objeto de veneración universal, también mostraba graves imperfecciones. Quiere presentar al hombre histórico y no escribir una hagiografía. Charles Péguy combate esta pretensión de una historia objetiva basada únicamente en documentos.

Recibió el premio Gobert de la Academia Francesa en 1916[5] por su artículo L'Adoration des empereurs et les origines de la persécution de Dioclétien (La adoración de los emperadores y los orígenes de la persecución de Diocleciano), publicado en 1916 en la Revue Historique.